坏蛋斯雷特被忍者神龟们打败后，纽约市恢复了往日的安宁，斯普林特老师为了增强神龟们的战斗力，把本领最扎实的达芬奇送往南非进修忍术，拉斐尔因为没能被老师选中而不服气，兄弟之间产生隔阂。坏人马克斯此时趁虚而入，他指使一支由怪兽和机械人组成的恐怖军团攻占世界；斯雷特的余孽部队“鬼脚忍者”也在神秘人卡拉的带领下加入邪恶阵营。

　　大敌当前，纽约市面临从未有过的威胁，组织溃散的忍者神龟该如何重整旗鼓、齐心协力击退实力更可怕的两派对手呢？