1978年7月14日，中共广州市委常委扩大会议研究庄辛辛案件，决定为其彻底平反。习仲勋参加会议并讲话说：“‘文化大革命’时，庄辛辛还是个小孩子，他这样关心国家大事，我们比不比得上他？我就比不上他。像这样的人，在激烈的阶级斗争和路线斗争中，这样立场坚定，旗帜鲜明，是不简单的，是很值得我们学习的。”当天，中共广州市委在中山纪念堂召开五千人参加的大会，省委书记李坚真受习仲勋的委派出席大会，宣布为庄辛辛彻底平反，恢复名誉。广东省为庄辛辛案件公开平反，在全国处理同类案件中是较早的。

习仲勋说，“文化大革命”中，黄永胜等人秉承江青一伙的旨意，在广东成立专门机构，“审理广东地下党”，揪“南方叛徒网”，目的就是要反对和否定周恩来。他郑重地宣布，因这些案件受迫害的同志都应当平反昭雪；抗战时期广东党组织是在周恩来为书记的南方局领导下从事革命斗争的，是我们党的一个重要组成部分，所谓“南方叛徒网”本身就是一个冤案，应该彻底平反；全国解放前活跃在广东各地的人民武装队伍，都是党所领导的革命武装，在革命斗争中起了重要作用，把广东人民武装称为“土匪部队”，完全是诬蔑之词，必须彻底平反；海丰发生的反彭湃事件，矛头也是指向周恩来和叶剑英等老一辈无产阶级革命家的，现在这一冤案已得到平反昭雪，被颠倒了的党的历史要重新恢复过来，对在这一事件中疯狂进行阶级报复、残酷杀害彭湃烈士侄儿彭科的洪桂文和其他几个民愤极大的凶手，交专政机关依法严惩。

习仲勋还再次强调了处理反右派斗争和“四清”运动中遗留问题的政策。他说，对于1957年反右派斗争中存在的问题，中央已发文件，明确指出凡是属于搞错了的，必须改正。广东省应按照中央指示精神，错多少纠正多少，全部错了的全部纠正，不留尾巴。对在“四清”运动中有些同志处分偏重和处分错了的，也要本着实事求是的精神，予以改正。凡是在“四清”运动中补定的阶级成分，都不算数，应以土地改革时划定的阶级成分为准。

习仲勋还特别对处理广东所谓的海外关系“黑六条”问题提出要求。他说，“文化大革命”一开始，江青、张春桥就诬蔑过去的“侨务政策都是反动的”，对归侨、侨眷大加迫害。在极左路线横行之下，1970年省革委会出台了《处理有港澳海外关系干部的六条意见》，在顺德、台山等地试点后在全省推行。“黑六条”搞得人心惶惶。侨眷、归侨、港澳同胞的亲属和有海外关系的干部，同海外亲人的正常通信联系，都被扣上“里通外国”的帽子，海外亲人汇来的养家侨汇，被说成是“特务经费”。“海外关系”成了莫须有的罪名，一批有海外关系的干部和侨眷、归侨被当作“特务”，横遭打击和迫害，制造了一批骇人听闻的政治假案，在海内外都造成了极其恶劣的影响。他强调，广东是著名的侨乡，华侨和侨眷绝大多数是劳动人民。华侨具有爱国的光荣传统，“黑六条”是反动的，应该彻底加以批判，凡因“黑六条”受到迫害的人，都要平反昭雪。

在落实政策、平反冤假错案工作中，习仲勋坚决贯彻中央“既要解决问题，又要稳定局势”的方针，亲自处理了一些重大案件，其中最突出的是“李一哲”案件和“反地方主义”问题。

“李一哲”案件，是“文化大革命”期间在广东乃至国内外影响较大的所谓“反革命集团案件”。1974年11月10日，一张题为《关于社会主义的民主与法制——献给毛主席和四届人大》的大字报，张贴在广州闹市区的北京路路口。大字报写了67页白报纸，长达26000余字，署名为“李一哲”。

这份大字报抨击当时不完善的民主与法制，公开揭露林彪集团破坏民主与法制、大搞封建法西斯专政的罪行，指出其赖以产生的社会历史条件是延续两千多年封建社会的意识形态，林彪路线的表现形式是极左。大字报还不点名地指出江青一伙搞“反复辟”、“反回潮”的一系列罪行，并联系这些反常现象，分析我国上层建筑领域存在的严重缺陷。

大字报贴出后，广州为之震动，观者川流不息。不久，它便流传到内地，在香港、澳门、台湾以及海外其他地区也引起了强烈反响。“四人帮”头面人物江青说，这是“解放后最反动的文章”，王洪文则扬言要组织100万人进行批判。广东省和广州市秉承“四人帮”的旨意，立即在机关、学校和工厂组织批判这张大字报的运动，先后组织了100多场批判会和辩论会，其中不少是万余人的批判大会。这就是曾经轰动一时的“李一哲事件”。

按道理说，在粉碎“四人帮”后，因反对林彪、“四人帮”的“李一哲”应当平反释放。但在清查“四人帮”的过程中，他们的问题却反而升级了。1977年12月中旬举行的广东省第五届人民代表大会，公开宣布“李一哲”是反革命集团，李正天、陈一阳、王希哲、郭鸿志还分别被判处有期徒刑，一批与“李一哲”有牵连的干部和青年，也受到隔离审查和内部批判。

习仲勋来到广东不久，就注意到这个案件。而关押在监狱中的李正天，听说习仲勋到广东后，便两次给习仲勋写信申诉。他知道习仲勋因为一本小说《刘志丹》而蒙冤16年，刚刚平反出来工作，能够理解他的处境，否则也不敢“这么冒险”。他的同伴也认为“习仲勋是个好人”，对习仲勋寄予很大信任。

习仲勋确实对这一案件十分重视。从1978年的八九月开始，他多次主持召开省委会议，研究“李一哲”案件，并数次报告党中央。12月29日，省委常委又一次讨论此案，一致认为“李一哲”不是反革命集团，他们《关于社会主义的民主与法制——献给毛主席和四届人大》的大字报不是反动大字报，应予平反。第二天，李正天等便从监狱释放出来。习仲勋并指定分管宣传工作的省委书记吴南生负责处理这件事，吴南生多次接见“李一哲”成员，和他们谈话。

1979年1月24日下午，习仲勋和吴南生等省委领导在省委东一楼会议室接见李正天、陈一阳、王希哲、郭鸿志等四人，与他们谈话。习仲勋在听取他们的意见后，表示尊重他们的意见，并提醒他们注意冷静，防止被极少数人利用、钻空子，要把不正确的观点顶回去。习仲勋语重心长地对他们说：“你们的路还长，希望你们把路子走对，健康地成长。”当时正值春节前夕，习仲勋和省委还对他们过好春节做了安排。

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