上海合作组织现已建立元首、总理、高检、高法、安全会议秘书、外交、国防、经贸、文化、卫生、教育、交通、紧急救灾、科技、农业、司法、国家协调员等会议机制。

成员国元首理事会是最高决策机构。元首理事会每年举行一次会议，就组织内所有重大问题作出决定和指示。会议举办国担任组织轮值主席国。现任轮值主席国为俄罗斯。迄今为止已举行了15次峰会。

政府首脑理事会每年举行一次例会，重点研究组织框架内多边合作的战略与优先方向，解决经济合作等领域的原则和迫切问题，并批准组织年度预算。迄今为止已举办13次会议。

会议机制

元首理事会

政府首脑（总理）理事会

紧急救灾部长会议

文化部长会议

交通部长会议

经济部长会议

外交部长理事会

国防部长会议

执法安全部门领导人会议

总检察长会议

边防部门领导人会议

● 成员国元首理事会

上海合作组织最高机构。该理事会每年举行一次会议，由各成员国按国名俄文字母顺序轮流举行，就组织所有重大问题做出决定和指示。

● 在元首和政府首脑理事会下面，还分别设有外长、经济、交通、文化、国防、执法安全、监察、民政、边防等年度定期会晤机制。

●秘书处

上海合作组织常设行政机构，设在北京，2004年1月成立。主要职能是：为组织活动提供组织、技术保障；参与组织各机构文件的研究和落实；就编制组织年度预算提出建议。秘书长由元首会议任命，由各成员国按国名的俄文字母顺序轮流担任,任期三年,不得连任。

国家协调员理事会

●成员国国家协调员理事会

上海合作组织日常活动的协调和管理机构，是上海合作组织的基层协调机制。理事会会议每年至少举行三次。理事会主席由元首会议例会举办国国家协调员担任，经外长会议主席授权，可对外代表组织。

● 成员国政府首脑

（总理）理事会

每年举行一次例会，重点研究组织框架内多边合作的战略与优先方向，解决经济合作等领域的原则和迫切问题，并批准组织年度预算。

● 地区反恐机构

上海合作组织常设机构，总部设在乌兹别克斯坦首都塔什干， 2004年6月正式启动。关于成立地区反恐机构的协定是2002年6月在上海合作组织圣彼得堡峰会上签署的。主要任务和职能包括：就打击恐怖主义、分裂主义、极端主义与本组织成员国主管机关及国际组织保持工作联系，加强协调；参与准备打击恐怖主义、分裂主义和极端主义问题的国际法律文件草案，与联合国安理会及其反恐委员会、国际和地区组织共同致力于建立应对全球性挑战与威胁的有效反应机制；收集和分析成员国提供的有关打击恐怖主义、分裂主义和极端主义的信息等。它具有独立的法人地位，拥有签订协议、开设银行账户、拥有动产和不动产等权力。地区反恐怖机构由理事会和执委会组成。理事会由成员国主管机关领导人组成，是反恐机构的决策和领导机关。执委会主任由元首会议任命。

常设机构

秘书处 地区反恐机构

部门架构

秘书长

副秘书长 （政治组）

负责元首会议、外长会议、地区反恐机构和“比什凯克小组”、国防部和强力部门领导人会议国家协调员会议与成员国代表和东道国联络、与其他组织和国家联络

负责政府首脑（总理）会议、经济和人文领域部门领导人会晤与成员国科技和实业界联络

副秘书长（经济组）

副秘书长（法律后勤组）

法律事务、文件保存、人事事务、礼宾问题 本组织经费和预算问题

秘书处会计、出纳

办公室

档案

秘书

后勤保障

秘书长助理

与媒体联络（新闻发言人） 本组织网站、准备本组织新闻稿

译员