上海合作组织的最高决策机构是成员国元首理事会。该理事会每年举行一次会议，就组织所有重大问题做出决定和指示。

上海合作组织成员国政府首脑理事会每年举行一次例会，重点研究组织框架内多边合作的战略与优先方向，解决经济合作等领域的原则和迫切问题，并批准组织年度预算。