新中国成立后，国内战争基本结束，500多万解放军的安置问题摆在了共和国面前。1949年9月和平解放的新疆，有17万大军，一年就需要10万吨粮食，而全国面积第一的新疆却无力供应。彼时的新疆还处于以农牧业为主体的自然经济时期，生产力水平低下，生产方式落后，发展几乎处于停滞状态，人民生活困苦，人均占有口粮不足200公斤，除去地租、口粮和种子外，所剩无几。

这年秋天，解放军一兵团二军六师主力还未到达南疆，师长张仲瀚就奉命率领小分队，与新疆水利专家王鹤亭见面，一同前往铁门关勘查水利，并很快在南疆开荒种田，成为新疆“兵团第一犁”。当年年底， 新疆军区成立二十二兵团，下辖九军和两个骑兵师等，张仲瀚被任命为九军政委。

粮食问题成为这一时期新疆驻军面临的最大困难——从内地调运或从苏联进口粮食，要么运费奇高，是粮价的8至10倍，要么必须动用大量的外汇。最初，军区后勤部每月都要派飞机赴京去运回大量银圆购买粮食。一次，军区后勤部长又去向周恩来总理要银圆，总理签付后，神情凝重地说：“人民解放军要驻守边疆，保卫边疆，长期靠别人吃饭，自己不生产是不行的。”

为了从根本上解决粮饷问题，1949年12月5日，中央军委针对新疆军区发布了《关于1950年军队参加生产建设工作的指示》，动员全军开展大生产运动，号召全军“除继续作战和服勤务者外，应当担负一部分生产任务，使我人民解放军不仅是一支国防军，而且是一支生产军， 借以协同全国人民克服长期战争所遗留下来的困难，加速新民主主义的建设”。

中央军委还特别强调：“人民解放军参加生产，不是临时的，应从长期建设的观点出发，而其重点，则在于以劳动增加社会和国家的财富。因此，各军区首长，必须指导所属，从1950年起，实行参加生产建设工作，借以改善自己的生活，并节省一部分国家的开支。”

1950年1月21日，新疆军区发布新产字第1号命令：“全体军人，一律参加劳动生产，不得有任何人站在劳动生产之外”“全疆部队除担任祖国边防警卫和城市卫戍勤务外，必须发动11万人到开垦种地的农业生产战线上去”；要求当年“开荒种地4万公顷”“部队生产须有长远打算，有计划地建设军垦农庄，号召各部队为发展农业生产，应大力兴修水利，以造福于人民”。

命令颁布后，驻疆广大指战员在天山南北按师团布点，就地驻防，就地屯垦，迅速掀起了大生产运动。“一手拿镐，一手拿枪”成为新疆人民解放军十几万官兵的常态。当年，共有11万驻疆官兵投身到开荒屯垦中去，开荒96万亩，播种83万亩，生产的粮食足够全军食用7个月， 油料、蔬菜也实现了自给自足。

1951年1月，新疆军区政治部发出指示，号召全体指战员树立“屯垦军”“劳动军”思想，“安家落户，建设边疆，保卫边疆”。到1952年，新疆军区实现主副食全部自给，并建立一批军垦农场和工厂，奠定了新疆现代农业和现代工业的基础。1952年2月，中央军委发布《人民革命军事委员会命令》，决定对驻疆部队进行整编。毛泽东同志在命令中写道：“你们现在可以把战斗的武器保存起来，拿起生产建设的武器。当祖国有事需要召唤你们的时候，我将命令你们重新拿起战斗的武器，捍卫祖国。”

1953年5月，驻疆部队整编完成，编为国防部队和生产部队。第二十二兵团暂时保留国防部队序列，管理其所属生产部队。新疆的生产部队有43个军垦农牧团场，拥有耕地 115.89 万亩，占当时新疆耕地面积的 5%。同时还兴办工业、交通、建筑、商业企业和科技、教育、文化、卫生等事业单位，为组建生产建设兵团奠定了基础。

1954 年，我国经济建设进入有计划、大规模的发展阶段，军队即将实行义务兵役制和军官军衔、工薪制。在新的形势下，为了使驻疆的十几万生产大军安下心、扎下根，长期屯垦戍边，把部队生产纳入国家计划，需要成立一个新的领导机构，统一集中领导新疆的生产部队。当年10月7日，经中央军委批准，新疆军区将生产管理部与二十二兵团合并组成新疆军区生产建设兵团，下辖南疆生产管理处，石河子生产管理处， 农业建设第一、二、三、四、五、六、七、八、九、十师，以及建筑工程第一师、建筑工程处、运输处及9个直属团和9个企事业单位，共计17.55万人，其中指战员和无军籍职工10.5万人。由此，这支特殊的部队拉开了建设边疆、保卫边疆的序幕，担负起屯垦戍边的历史使命。

新疆军区生产建设兵团成立初期，受中共中央新疆分局和新疆军区领导。1956年6月，国家农垦部成立，新疆军区生产建设兵团受农垦部和新疆维吾尔自治区双重领导，正式撤销生产部队原有部队番号，退出军队序列，变成了不穿军装、不吃军粮、不拿军饷的农垦企业。

新疆生产建设兵团是新疆维吾尔自治区的重要组成部分，土地面积7.06万平方公里，占新疆总面积的4.24%，约占全国农垦总面积的五分之一。兵团的存在和发展，为繁荣新疆经济文化、改善人民生活、增强民族团结、维护祖国统一、加强战备、巩固边防做出了突出贡献。新疆各族人民也为兵团提供了开发和建设的有利条件。

在1954年至1966年的13年间，兵团农业发展成为新疆乃至全国国营农场的样板。兵团建设进入快速发展时期，创造了一个又一个奇迹。

1966 年，兵团工业产品产量和经济效益都达到了历史最高水平。兵团粮、棉、油、甜菜产量分别占新疆的21.7%、31.4%、16.8%和90.5%。在发展农业生产的同时，兵团大力开展样板团场建设，为新疆的农业发展起到了良好的示范作用。

1967年至1974年，兵团因发展停滞甚至萎缩，经济处于崩溃边缘， 成为国家和自治区的大“包袱”。另外，当时全国各地的生产兵团数量激增，给管理工作带来了诸多问题。1975年4月，中共中央和中央军委批准了《关于撤销新疆军区生产建设兵团的报告》。当年5月，新疆维吾尔自治区党委在兵团撤销后成立新疆农垦总局，各师为农垦局。当时， 自治区将原兵团的 20多个农牧场划归其所属县，又将原兵团一批工矿、交通、商业等骨干企业划归自治区相关部门管理。

直到1978年至1981年期间，新疆农垦逐步恢复，财务亏损逐年减少，新疆农垦事业的发展迎来了新的机遇，实现了与全国、全区的事业同步发展。1981年年末，新疆生产建设兵团正式恢复建制。1997年，为了适应社会主义市场经济改革背景下的新形势，中央正式给予兵团特殊政策支持，开始按照石河子的“师市合一”模式，推进阿拉尔、图木舒克和五家渠的建市工作。

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